結局のところ、blockquote要素の内部にcite要素を入れてもよいのか？ (HTML)

結論

入れてもOK。
blockquote要素の内部(配下)に、cite要素を入れてもよい。(と思われる)

根拠

下記は、引用についての引用。(※ただし、強調部分は引用者による)

The <blockquote> element represents content that is quoted from another source, optionally with a citation which must be within a footer or cite element, and optionally with in-line changes such as annotations and abbreviations.

Content inside a blockquote other than citations and in-line changes must be quoted from another source, whose address, if it has one, may be cited in the cite attribute.

— HTML 5.2, 4.4.5. The blockquote element

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経緯

以前にどこかで、「blockquote要素の内部には絶対に絶対にcite要素を入れては駄目だblockquote要素配下には純粋に引用されたものだけを書くんだcite要素は外に出せもしくは代わりにcite属性の方を使え」という主張を見た記憶があったため、調べてみた。

HTML5仕様はまだドラフト段階なので、二転三転することもあるのかもしれない。